Die USB Schnittstelle stellt keine elektrische Verbindung zwischen Bootloader und PC dar. Sie ist aus Sicherheitsgründen mit optischen Übertragungsstrecken potential getrennt aufgebaut. Der Bootloader benötigt daher für die Kommunikation über USB eine eigene Spannungsversorgung, bereitgestellt über DL, CAN oder Batterie.
Für die Kommunikation zwischen PC und BL-NET über USB ist weiters eine Treibersoftware erforderlich, die in Windows eine virtuelle COM-Schnittstelle erzeugt, über die die Programme Winsol bzw. Memory Manager auf den Bootloader zugreifen. Siehe dazu auch Abschnitt „USB-Treiber“.